Предварительным следствием установлено, что в ноябре-декабре 2007 года в нарушение Федерального закона РФ «О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд» Непутин заключил с ОАО «Проекттеплоремонт» муниципальные контракты по реконструкции газоходов, ремонту дымовой трубы и демонтажу двух 45-метровых дымовых труб здания котельной заводского микрорайона МУП «ЖКХ п. Бисерть». Несмотря на то, что работы так и не были произведены, Непутин подписал акты-приемки, на основании которых финансовым отделом в Бисертском городском округе ОАО «Проекттеплоремонт» перечислены денежные средства в сумме 5950574,15 рублей, которые были выделены Бисерскому городскому округу в виде субсидий из областного фонда муниципального развития.
Кроме этого, 18 мая 2008 года в вечернее время на улице Южной поселка Бисерть, по данным СУ СК при прокуратуре РФ по Свердловской области, Непутин из личных неприязненных отношений нанес побои несовершеннолетнему 1994 года рождения. В ходе следствия Непутину предъявлено обвинение по части 2 статьи 285 «Злоупотребление должностными полномочиями, главой органа местного самоуправления», части 1 статьи 116 УК РФ «Побои». 6 августа прокурором Свердловской области по данному уголовному делу утверждено обвинительное заключение и направлено в суд для рассмотрения по существу.
