Труп нашли в доме человека по фамилии Шамугиа.
Позднее было обнаружено и тело хозяина дома. Его нашли у реки на расстоянии 500 метров от КПП "Ингур".
В связи с произошедшим президент Абхазии Сергей Багапш собрал экстренное совещание с руководителями силовых ведомств. Между тем, как сообщает "Интерфакс", министр обороны республики Мираб Кишмария обвинил в убийстве Эмин-заде власти Грузии. "Мы считаем, что убийство Эдуарда Эмин-заде является очередным терактом со стороны Грузии", - заявил агентству министр.
Аналогичную версию убийства Эмин-заде выдвинули и в Службе государственной безопасности Абхазии.
20 июня 2008 года на Эмин-заде, который в то время занимал пост начальника службы контрразведки Службы госпезопасности, было совершено покушение. Его машину обстреляли в Сухуми. В результате покушения Эмин-заде и его водитель получили ранения.