Законом предусматривается ряд особых условий для территории, где расположится инновационный центр. В частности, утверждать градостроительные документы в «Сколково» будет управляющая компания, значимость генеральных планов поселения и правил землепользования и застройки отводится на второй план.
Особые правила коснутся также медицинских, образовательных учреждений и организаций, осуществляющих исследовательскую деятельность на территории Центра.
Предполагается, что государство будет компенсировать расходы по уплате таможенных платежей, понесённых при ввозе товаров, необходимых для осуществления исследовательской деятельности.