Сергей Никонов родился 2 марта 1969 года в городе Новосибирске. Окончил Вольское высшее военное ордена Красной Звезды училище тыла имени Ленинского комсомола и Уральскую академию государственной службы. Получил специальность инженера-экономиста, а также менеджера, специалиста государственного и муниципального управления.
Сергей Никонов долгое время был президентом Свердловской областной ассоциации «Бойцы Урала». После этого начал политическую карьеру: с 2001 по 2005 годы находился на руководящих должностях в исполнительном комитете регионального отделения общероссийской политической партии «Единая Россия».
В областном правительстве, в должности управляющего делами Губернатора и правительства Свердловской области проработал с 2006 года.
Напомним, с утра стало известно об отставке одного из старейших членов областного правительства — первого заместителя председателя правительства Свердловской области по координации деятельности областного хозяйства — министра промышленности и науки Свердловской области Владимира Молчанова.